DNA/RNA通過凝膠電泳使之在凝膠中分離出來，通過加入標準核酸分子（markers）對其進行鑒定，并用于轉膜、雜交等。
【試劑】
10×MOPS緩沖液：
0.2mol/L MOPS（3-〔N-嗎啉〕丙磺酸）
80mmol/L NaAc
10mmol/L EDTANa2
先用400 ml DEPC水溶解20.6g MOPS和4.1gNaAc后，加入10ml 0.5mol/L EDTA，定容500ml。用0.22mm濾器過濾除菌，避光保存。
1×MOPS電泳緩沖液：
10×MOPS 150ml
37%甲醛 80ml
加水至1500ml。
甲醛凝膠變性RNA電泳加樣緩沖液（10×）：
50％甘油
1mmol/L EDTA
0.25％溴酚藍
0.25％二甲苯青FF
5ml甘油、20ml 0.5mol/L EDTA、25mg溴酚藍、25mg二甲苯青FF，加DEPC水至10ml，高壓后，4°C保存。
5mol/L EDTA（pH8.0）
37％甲醛、甲酰胺等。
【操作步驟】
1． 電泳槽用0.3%H2O2浸泡30min，DEPC水沖洗晾干。
2． 鋪膠（20ml）
瓊脂糖 0.24g （1.2%）
無RNase水 17.4ml
10×MOPS 2.0ml
37%甲醛 0.6ml
EB 1ml
將瓊脂糖加水融化后，加10×MOPS，待膠冷卻至60°C左右，再加甲醛和EB。（若鋪大膠可將上述各試劑的量加大2倍）。
3． RNA樣品處理（以一條泳道為例）
4．加2.0ml甲醛凝膠加樣緩沖液（10×）
5．加樣和電泳
將凝膠預電泳5min，電壓降為5v/cm。隨后加樣品和標準物，以3－4v/cm電壓降電泳，電泳液為1×MOPS電泳緩沖液。直至溴酚藍遷移至膠下游的3/4處。
6． 電泳結束后，在紫外燈下，仔細測量28S rRNA和18S rRNA至加樣孔的距離，并同熒光尺一起拍照，以記錄標準物的位置。
【注意事項】
1． 每一泳道至多可分析30mg RNA，通常用10-20mg總RNA進行Northern雜交，可以檢測高豐度mRNA（占mRNA總量的0.1%以上）；如待測RNA含量極微，每個泳道加0.5-3.0mg poly(A)+ RNA。
2． 標準物28S rRNA»6333 base；18S rRNA»2366 base；9S兔b珠蛋白mRNA»710 base。 溴酚藍在前(»300bp)，二甲苯青FF在后(»4kb)。
二、RNA樣品的轉膜（虹吸印跡法）
【試劑】
20×SSC：175.3g NaCl，88.2g檸檬酸鈉，DEPC水定容1000ml
NaOH調pH至7.0，高壓后備用。
6×SSC： 用20×SSC稀釋。
【操作步驟】
1． 將電泳后的凝膠用蒸流水漂洗2min，20×SSC浸泡30min。
2．剪一與凝膠大小相等的硝酸纖維素膜，用蒸流水浸濕后放入20×SSC中。
3．在方盤上放置一平板，其上放置一濾紙，濾紙兩端搭入盤內浸入20×SSC中。
4．將凝膠倒置于平臺上, 底面朝上，切掉右下角，并用保鮮膜封閉四周。
5．將硝酸纖維素膜放于膠上，趕走氣泡。
6．膜上放兩張濾紙，其上再放20層吸水紙。
7．吸水紙上放一平板，其上放500g左右的重物。
8．室溫下過夜轉膜，期間換紙2－3次。
9．完成轉膜后，在紫外燈下觀察效果，并標記好序號、加樣孔位置和28S，18S的位置。
10．用6×SSC浸泡硝酸纖維素膜5分鐘，濾紙吸干，80°C烤箱真空干燥2小時。室溫保存。
