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2021年9月15日，發改委公開《關于印發農業領域相關專項中央預算內投資管理辦法的通知》，由國家發展改革委、農業農村部、海關總署、國家林草局聯合印發。
其中包括《藏糧于地藏糧于技中央預算內投資專項管理辦法》和《農業綠色發展中央預算內投資專項管理辦法》。
農業綠色發展中央預算內投資專項管理辦法
第一章 總則
第一條 為加強和規范農業綠色發展專項中央預算內投資管理，發揮中央預算內投資效益，根據《政府投資條例》(國務院令第 712 號)、《中央預算內直接投資項目管理辦法》(國家發展改革委 2014 年第 7 號令)、《中央預算內投資補助和貼息項目管理辦法》(國家發展改革委 2016 年第 45 號令)、《國家發展改革委關于規范中央預算內投資資金安排方式及項目管理的通知》(發改投資規〔2020〕518 號)等有關規定，制定本辦法。
第二條 本辦法所述農業綠色發展專項，是指使用中央預算內投資支持建設的畜禽糞污資源化利用整縣推進、長江經濟帶和黃河流域農業面源污染治理、長江生物多樣性保護工程等項目，項目類型和支持范圍可視情況作必要調整。各地要切實加強項目謀劃和項目前期工作，按照國家有關專項規劃和年度計劃申報要求，及時提出本地區年度項目投資需求，嚴格落實項目管理各項要求。對符合相關條件要求的項目，國家發展改革委采取直接投資、投資補助等方式給予支持。本專項采取“大專項+任務清單”管理模式，全部為約束性任務。
第二章 支持范圍與方式
第三條 畜禽糞污資源化利用整縣推進項目限定在生豬存欄量 10 萬頭以上或豬當量 20 萬頭以上的符合條件的縣(市、區)。中央預算內投資重點支持畜禽糞污收集、貯存、處理、利用等環節的基礎設施建設。除西藏地區外，中央預算內投資支持地方項目的比例不超過核定總投資的 50%，每個縣不超過 3000 萬元。
第四條 長江經濟帶和黃河流域農業面源污染治理項目限定在長江經濟帶中西部地區和黃河流域，并集中用于流域水環境敏感區域。中央預算內投資重點支持農田面源污染、畜禽養殖污染、水產養殖污染防治基礎設施項目建設。中央預算內投資支持地方項目的比例不超過核定總投資的 50%，每個縣不超過 5000 萬元。農業面源污染項目縣與畜禽糞污資源化利用項目縣原則上不重復安排。
第五條 長江生物多樣性保護工程項目限定在長江流域“一江兩湖七河”禁捕退捕重點縣(市、區)。中央預算內投資重點支持珍稀瀕危物種資源保護、關鍵棲息地保護及修復、漁政執法能力建設、水生生物資源及棲息地監測、水生生物保護技術能力提升等方面基礎設施建設。中央事權的項目投資全部由中央安排，中央預算內投資支持地方項目的投資比例，東、中、西部分別不超過核定總投資的 40%、50%、60%。
第六條 中央預算內投資計劃實行打捆下達。各地在轉發和分解年度中央預算內投資計劃時，按規定采取適當方式安排相關工程項目。鼓勵各地創新中央預算內投資使用方式，引導和帶動社會資本加大投入，撬動社會資本更多投向農業綠色發展項目建設。
第三章 投資計劃申報
第七條 申請安排年度中央預算內投資計劃的項目，必須完成相關前期工作手續，并已通過投資項目在線審批監管平臺(以下簡稱投資在線平臺)辦理項目審批、核準、備案手續，確保當年能開工建設。中央預算內投資不得用于已完工項目，不得用于已安排過中央預算內投資或中央財政資金的項目。項目單位被列入嚴重失信主體名單的，不得申請中央預算內投資支持。
第八條 對于地方項目，地方各級農業農村部門根據國家有關專項規劃，會同各級發展改革部門做好項目前期工作，并依托投資在線平臺(國家重大建設項目庫)，做好項目儲備并編制項目三年滾動投資計劃。地方各級發展改革部門和農業農村部門要根據項目前期工作情況，聯合提出本地區年度農業綠色發展項目投資需求及績效目標，逐級報送至國家發展改革委、農業農村部。
第九條 對于安排中央單位投資項目，農業農村部依托投資在線平臺(國家重大建設項目庫)，向國家發展改革委報送年度投資計劃申請報告和績效目標。
第四章 投資計劃下達與執行
第十條 農業農村部負責匯總各省份年度農業投資建設需求，分省分類別向國家發展改革委提出年度投資計劃申請及績效目標，并同步在投資在線平臺(國家重大建設項目庫)中推送相關信息。國家發展改革委銜接平衡后，分省分類別將年度投資計劃及績效目標同時下達農業農村部和省級發展改革部門。
農業農村部在接到國家發展改革委投資計劃下達文件后 20 個工作日內，將項目任務清單、績效目標等按要求分解下達到省級農業農村部門，逐一落實項目(法人)單位及項目責任人、日常直接監管責任單位及監管責任人，并經日常監管責任單位及監管責任人認可后，抄送省級發展改革部門，并報國家發展改革委備案。
第十一條 省級發展改革部門商省級農業農村部門，根據國家發展改革委下達的投資計劃和農業農村部下達的項目任務清單及績效目標，在 20 個工作日內，將相關計劃、任務、績效目標分解下達，抄報國家發展改革委、農業農村部備案。省級農業農村部門同步在投資在線平臺(國家重大建設項目庫)中進行分解備案。
第十二條 對于安排中央單位投資項目，國家發展改革委審核有關部門報送的年度投資計劃后，將中央預算內投資計劃下達農業農村部，同步下達績效目標。
農業農村部收到中央投資計劃和績效目標后，于 20 個工作日內分解下達至具體項目，并通過投資在線平臺(國家重大建設項目庫)將投資計劃分解落實到具體項目。
第十三條 投資計劃下達后不得隨意調整。因個別項目不能按時開工建設或者建設規模、標準和內容發生較大變化等情況，導致不能完成既定建設目標，投資計劃和項目任務清單確需調整的，按照誰下達、誰調整的原則辦理調整事項。
調整后項目仍在原專項內的，由省級調整，調整情況及時報國家發展改革委、農業農村部備案。
調整到其他專項的，由省級發展改革部門、農業農村部門聯合將調整申請報送國家發展改革委、農業農村部，農業農村部提出調整建議，報國家發展改革委進行調整。
安排中央單位投資項目，在原專項內進行調整的，由農業農村部進行調整，調整結果報國家發展改革委備案；跨專項調整的，由農業農村部報國家發展改革委進行審核調整。
第十四條 各地在轉發、分解下達中央預算內投資計劃時要加強財力統籌，及時足額落實和到位地方建設資金。
第十五條 項目建設的前期工作費、基本預備費及項目管理費按照相關規定列支，從地方籌資中安排。
第十六條 項目建設應嚴格落實項目法人責任制、招標投標制、建設監理制和合同管理制。項目勘察、設計、施工和監理等環節工作，均依照《中華人民共和國招標投標法》等法律法規執行。
第十七條 項目建設單位應當督促施工單位嚴格依據批準的實施方案按期施工，對項目建設的工程質量、工程進度、資金管理和生產安全負責。
第十八條 項目竣工后，要嚴格按照固定資產投資項目管理程序要求組織竣工驗收。驗收的主要內容包括項目建設任務及投資計劃是否按批復的方案完成，是否隨意變更項目建設地點、標準和主要建設內容；主要工程建設是否符合設計要求，達到規定標準；國家投資及地方投資是否按要求足額到位；項目施工質量、執行法律法規情況；運行使用情況、竣工決算和檔案資料等。
第十九條 工程驗收后，必須及時辦理移交手續，明確產權，落實工程運行管護主體和管護責任，制定管護制度，確保工程長期發揮效益。
第五章 監督管理
第二十條 建立健全各項監管制度，逐級落實責任主體，明晰監管職責，做到任務到崗、責任到人、管理到位。各級發展改革、農業農村等部門要加強配合，密切協商，充分溝通，規范項目建設，提高工程質量和投資效益。
第二十一條 投資計劃下達后，農業農村部按照加強中央預算內投資監管和績效目標考核的相關要求，依托投資在線平臺(國家重大建設項目庫)等加強項目事中事后監管和績效目標考核，每月 10 日前，通過投資在線平臺(國家重大建設項目庫)，將相關情況報送國家發展改革委，對未按要求通過投資在線平臺(國家重大建設項目庫)報送項目信息的，或錄入信息數據不準確、不及時、不完整的，國家發展改革委可根據情節采取必要的懲戒措施；每年年底前，將年度績效目標實現情況形成評價報告報送國家發展改革委。
第二十二條 國家發展改革委、農業農村部適時對投資計劃執行、項目執行情況進行檢查督導。地方各級農業農村部門負責本轄區投資項目日常監管，地方發展改革部門負責對本轄區的投資計劃執行情況進行監督檢查。
第二十三條 對于項目實施管理中發現的問題，嚴格按照中央預算內投資監督管理有關規定進行處理。對于投資計劃執行、項目管理、績效考核情況較好的地區，在下一年度投資安排時給予適當傾斜。
第六章 附則
第二十四條 本辦法由國家發展改革委、農業農村部負責解釋。
第二十五條 本辦法自印發之日起施行，有效期 5 年。本辦法施行后，《農業可持續發展中央預算內投資專項管理暫行辦法》同時廢止。
