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數據顯示，農業農村部在果菜茶優勢生產區的175個縣開展有機肥替代化肥行動，集成推廣了一批典型生產技術和運營模式；并在705個縣實施畜禽糞污資源化利用行動，整縣開展養殖糞污處理設施建設。
除此之外，目前在浙江、海南、安徽整省開展生態循環農業示范建設，全國創建了80個農村綠色發展先行示范區，長江經濟帶的8省53個縣開展農業面源污染綜合治理。
農業污染治理取得了不錯的成績。對于農業源來說，水資源投入仍處于高位，直接帶來了較大的排放量。2017年我國用水總量逾6040億立方米，其中農業用水占比達62%；同時，還有6022萬噸的化肥施用量和250萬噸的農藥使用量，這所造成的污染也是不能忽視的。
與此同時，生態環境部副部長趙英民提醒道，農業源對水污染物排放貢獻比較大，而且不同于過去傳統的集中排放，這一污染污染源很多是無組織排放或面源排放，還面臨著治理難度大、監管難度大等挑戰。
也有業內人士指出，農業面源污染治理將成為未來水污染防治的主要方向，并表示有機肥推廣使用將有利于這一污染的防治。有機肥種出的農產品口感佳，而且可以阻止生態環境的惡化，提高環境質量。
對此，農業農村部長韓長賦在會議中指出，有機肥替代化肥是方向，提倡各地要把污染防治放在重要位置，要堅持源頭防治，調整農業投入結構，減少化肥農藥使用量，增加有機肥使用量。
但當前有機肥推廣使用還缺乏激勵政策，對比化肥，有機肥存在生產成本、銷售成本、勞動力成本較高等問題。在這一方面的完善突破就是接下來農業污染防治的一大重點。
另一個值得注意的是畜禽養殖場糞污造成的污染。畜禽糞尿如果不加以妥善處理和合理利用，污染物將對生態環境造成巨大的負面影響，同時有效利用和處理畜禽養殖場糞污，通過處理成為高效有機肥也是養殖場一大重要項目。
按照目標，到2020年，實現11萬家大型規模養殖場糞污處理設施配套率達到100%，畜禽糞污的綜合利用水平提高到75%以上。為全面推進畜禽養殖廢棄物資源化利用，近日，農業農村部辦公廳聯合生態環境部辦公廳印發《關于進一步明確畜禽糞污還田利用要求強化養殖污染監管的通知》，其中明確畜禽糞污還田利用標準，要求加強事中事后監管，完善糞肥管理制度，加快構建種養結合、農牧循環的可持續發展新格局。
有專業人士指出，面對新時代生態文明建設需求，建立農業面源污染監管體系，已是生態環境部門亟須解決的問題。在監管體制方面，當前在全國性農業環境監測方面仍存在與治管分離要求不一致的地方。
針對這一短板，我國在治理農業污染上要加強農業面源污染監測網絡頂層設計和制度安排，研究確定并發布農業面源污染監測典型區域，明確各地農業面源污染監測重點任務；并根據不同流域(區域)農業面源污染排污現狀及污染狀況，構建長期管理與短期監測相協調、重點監管與全面監管相結合、源頭控制與防止擴散相補充的農業面源污染監管體系。
