體細胞胚發生是指植物體細胞在特定誘導條件下，再生為胚胎并進而發育成為獨立個體的過程。它是現今創制轉基因作物的主要方式。體細胞胚發生的分子機理是《科學》評選的*前沿125個科學問題之一，對于理解植物細胞的性具有重要理論意義。先前研究表明，高濃度生長素、非生物脅迫或過表達細胞性轉錄因子（如LEC1、LEC2和BBM等）均可促使植物體細胞發生命運轉變形成體細胞胚，在此過程中伴隨著體細胞表觀組和轉錄組的改變。

此項研究中，研究人員首先利用ATAC-seq技術發現外植體的發育年齡階段位于體細胞胚發育轉錄調控等級網絡的上層。外植體的胚性本質是體細胞命運重編程的前提條件；當種子萌發后，細胞性基因座位的染色質狀態迅速由開放轉變為關閉，導致體細胞胚發生能力的喪失。這一發現回答了為什么植物體細胞胚的發生必須以幼嫩胚胎作為外植體這一科學問題。進一步研究發現，生長素位于調控等級網絡的第二層，它可以快速誘導體細胞染色質開放狀態的重編程，并同時激活細胞性因子的表達。通過對染色質差異開放區域進行聚類和轉錄因子結合位點富集分析，發現WRKY、CAMTA和TCP等轉錄調控因子家族成員可能參與了這一階段染色質開放狀態的重塑。LEC1、LEC2和BBM等細胞性因子位于調控等級網絡的第三層。結合轉錄組測序（RNA-seq）與染色質免疫共沉淀測序（ChIP-seq）技術，發現LEC2是細胞性因子的一個功能輸出口，它通過直接激活早期胚胎發育關鍵基因WOX2和WOX3的表達誘發體細胞胚的發生。上述這些研究成果描繪了植物體細胞胚發生的轉錄調控等級網絡，建立了細胞性轉錄因子與早期胚胎發育的直接連接。相關的ATAC-seq數據庫也為進一步挖掘參與體細胞胚發生的新調控因子奠定了基礎

研究揭示植物體細胞胚發生的轉錄調控等級網絡

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