蛋白質組學同位素標記的親和標簽方法

時間：2015/5/25閱讀：1496

他們提出使用一種試劑，這種試劑能夠使兩種同位素在形式上具有明顯的區別，即同位素標記的親和標簽(isotopicallycodedaffinitytag，ICAT)試劑。ICAT試劑的結構包含一個頭部、一個連接部分和一個碘激活的羰基基團，這個羰基基團能夠特異性地與半側鏈反應。重同位素的形態與輕同位素的形態的差別相當于在連接區部分的8個氫原子被8個氘原子取代。

ICAT方法

這種方法的設計目的是比較一對生物樣品。兩個蛋白質樣品(細胞狀態I和細胞狀態Ⅱ)分別單獨用d₀ ―ICAT和d₈―ICAT試劑標記，然后混合，并用水解。然后將肽混合物送至―親和色譜柱分析。這一步驟通過分離和對含半殘基肽的洗脫來完成對肽混合物的簡化。洗脫步驟與能夠進行質譜和串聯質譜的儀器偶聯。一對不同標記的肽幾乎在相同的時間洗脫，可以通過兩個距離為8kDa的質譜信號識別出來。因為預計d₀ 修飾的肽和d₈修飾的肽的電離性質是相同的，所以在每一個肽上都可以完成相對定量。一旦發現一對呈現“差別表達"的肽，就可以明確地進行串聯質譜來鑒定此肽。

這種技術產生的數據比MuDPIT方法得到的數據少，能夠直接相對定位二元比較的肽。由于14％的真核蛋白質沒有半殘基，這使得這項技術不適用于這些蛋白質。對于基于2D―PAGE的方法難以處理的小的、大的、酸性的、堿性的和疏水的蛋白質，這項技術與MuDPIT方法比基于2D―PAGE的方法有相似的優勢。它們也有某些共同的劣勢，如不能獲得*蛋白質的信息、處理過程的信息、翻譯后修飾的信息以及混合物中翻譯后修飾的蛋白質的相對豐度的信息。

為了整合這項技術和2D―PAGE方法的優勢，現在開發了一種新的試劑，這種試劑稱為可裂解的ICAT。此試劑可以與用于2D―PAGE的二元混合物的試劑兼容。這種試劑已由應用生物系統公司投放市場。

蛋白質組學同位素標記的親和標簽方法

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