濕地基質人工濕地基質主要由土壤、砂和卵石等組成。土壤往往被看成是的“活過濾器“，它的凈化功能主要由下列要素組成：
（1）綠色植物根系的吸收、轉化、降解和生物合成作用；
（2）土壤中的細菌、真菌和放線菌等微生物的降解、轉化和生物的固定化作用；
（3）土壤的有機、無機膠體及其復合體的吸收、絡合和沉淀作用；
（4）土壤的離子交換作用；
（5）土壤和植物的機械阻留作用；
（6）土壤的氣體擴散作用。
人工濕地水處理系統中，土壤的凈化能力受氣候和其他環境條件的影響，在溫暖的植物生長季節，對生物可降解的有機污染物，上述要素中（1）（2）（3）項起重要作用，對無機鹽類、營養元素和重金屬等污染物，（1）（4）項起主導作用。還有研究認為含有機質豐富的基質有助于吸附各種污染物，如含CaCO3較多的石灰石有助于磷的去除。濕地基質土壤的物理性能至關重要，一般要求土壤質地為黏土土壤，滲透性為慢中性，土壤滲透率為0.025cm/h-0.35cm/h為宜。其次土壤的氧化還原電位Eh也是影響污水處理效果的重要因素之一。濕地的一個重要特征是存在好氧與厭氧界面，從而使土體內的氧化還原電位Eh變幅高達1000mv，從而直接或間接地影響濕地去污效果。土壤的化學性質針對不同的植物有不同的要求，如蘆葦需要土壤PH值為6.5-8；對耐鹽堿也有極限，土體中Cl小于1%；CO3-小于2%-5%（土壤重量比）。此外，CA的含量過高影響K的吸收，妨礙蘆葦的生長，K/Ca臨界值大于29。
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