廢水水質對厭氧反應器的操作影響重大，因此必須對廢水特征有明確了解。工業廢水的種類是非常多的，即使同一類工業廢水，其性質也會因工藝的不同區別很大。
以造紙工業為例，其廢水可分為備料工段廢水、制漿廢水、造紙廢水及回收工段廢水等，其中僅制漿廢水又有化學漿、（酸法和堿法）、半化學漿、化學機械漿及機械漿廢水。各類廢水在性質上區別極大，其厭氧處理的難易、效果也區別很大。一般情況下，對一種廢水起碼要在啟動前了解以下特征。
1、廢水的有機物濃度
首先要知道廢水的有機物濃度，過低濃度的廢水可能并不適合于傳統的UASB的應用。荷蘭的Lettinga教授曾認為低于1000mgCOD/L的廢水不宜于使用UASB，或者說在此濃度下UASB的使用不能充分表現其*性。但近年來由于EGSB反應器的發展和UASB上流速度的有效提高，他們又提出低于100mgCOD/L的廢水不宜于使用UASB的說法。而在較高的濃度下廢水則可能需要稀釋或回流。
2、廢水B/C比
廢水的厭氧生物可降解性則能預測出UASB反應器出水的質量或COD的去除效率。
3、廢水的PH緩沖能力
另一個需要了解的是廢水的pH緩沖能力，堿度是衡量緩沖能力的一個參數。另一個實用的檢查廢水緩沖能力的方法是向廢水中加入相當于其COD濃度40%的乙酸（以COD濃度計），假如廢水pH仍維持6.5以上，則其緩沖能力是沒有問題的。假如pH在加乙酸后低于6.5，則說明廢水的緩沖能力不是非常強，在操作中應小心控制，后一種情況下，在廢水處理中產生的NH3，也能提高其緩沖能力。對于堿度特別小的廢水，可以加Na2CO3提高其堿度。
4、廢水中的營養物質
廢水中應有維持細菌生長必須的營養。厭氧菌需要的營養較少。粗略地講，N和P的需求大約為CODBD：N：P≈(350~500)：5：1。但由于發酵產酸菌的生長速率大大高于甲烷菌，因此，較為的估算應當是CODBD：N：P：S=(50/Y)：5：1：1。其中y為細胞產率，對于發酵產酸菌，Y=0.15；對于產甲烷茵Y=0.03。典型地，對*未酸化的廢水，取Y=0.15；對于一個*酸化的廢水，取Y=0.03。
此外，甲烷菌細胞組成中有較高濃度的鐵、鎳和鈷。在以冷凝液為主的廢水中，有時在例如玉米、土豆加工廢水中，這些元素可能非常少，在此情況下應當加入這些微量元素。有時也添加鋅和鉬。
5、懸浮物
廢水懸浮物的含量如果太高，則可能不大適宜于UASB處理。當廢水懸浮物濃度超過3000mg/L，并且它們不能生物降解而且能滯流在反應器內，就會引起較大的麻煩。但如果這些懸浮物能夠生物降解，或者它們不在反應器內滯留，則不會引起任何問題。
懸浮物能否在反應器內滯留取決于懸浮物和污泥的顆粒大小與密度，當反應器形成顆粒污泥，則懸浮物不容易停留在反應器內。當廢水含高濃度懸浮物時，在UASB反應器前增設沉淀池是有益的。對于可以降解的懸浮物，應當知道它降解的速率以便計算懸浮物在反應器里的保留量。
