對基因組裝配和序列分析

    美國能源部聯合基因組研究所DOE JGI是微生物基因組測序的，致力于在生物能源和環境領域開發微生物的潛在應用價值。同時，DOE JGI的科學家們也在努力開發新的工具，以便對基因組進行更經濟有效的裝配和序列分析。ELISA試劑盒

    近年來，DNA測序的通量顯著增加，測序成本不斷降低，但基因組裝配仍面臨著不小的挑戰?，F有技術一般是先通過測序得到DNA序列的短片段，然后利用計算機方法將其組裝成長片段，從而確定序列順序并對目標序列進行研究。這樣的裝配相當于，要在不知道zui終圖形的情況下，完成數百萬片的拼圖。如何將這些大量短片段有效組裝起來，一直是基因組裝配面臨的一大難題。

    現在，DOE JGI、PacBio公司和華盛頓大學合作，開發了一種改良版的基因組裝配方法，文章于五月五日發表在Nature Methods雜志上。研究人員將法DNA文庫與單分子實時DNA測序（SMRT技術）結合起來，對三種微生物基因組實現了高質量的從頭裝配。ELISA試劑盒

    該技術名為分級基因組裝配HGAP，是一種“從DNA樣品制備到完成基因組的全自動工作流程"。

    PacBio公司的單分子實時DNA測序平臺，能夠生成超長的測序讀段，HGAP技術正是得益于此。

    Sanger測序技術能夠很好的覆蓋測序中的缺口，度非常高。傳統的Sanger測序技術需要創建多個DNA文庫，進行多次測序，并且要整合大量數據。目前人們往往將Sanger方法與其他測序技術結合起來，以便獲得*化的結果，不過這樣的方法一般仍然需要制備多個文庫。

    研究團隊用DOE JGI之前測序過的三種微生物，對HGAP技術進行驗證。他們將從頭組裝的結果與微生物的參考序列相比較，發現HGAP技術的裝配結果度大于99.999%。

    “我們一直在尋求新途徑，希望幫助研究者們有效獲得高質量的數據，"DOE JGI的Len Pennacchio說。DOE JGI參與了20%的基因組測序項目，包括微生物、植物、真菌、藻類等，大多集中在環境生物學、能源等領域。

    “在JGI專家的幫助下，我們改進了單分子測序的基因組裝配方法，生成了可以與Sanger金標方法媲美的高質量完成基因組。"ELISA試劑盒

    現在研究團隊正在努力拓展HGAP技術的應用，希望將其用于復雜生物的基因組裝配。