衛生院醫療機構污水中含有一些特殊的污染物，如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑，以及大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒，如蛔蟲卵、肝炎病毒、結核菌和痢疾菌等。此外，在設有同位素診療室的醫療機構污水中還含雷226、磷、金198、碘131等放射性物質。與工業污水和生活污水相比，它具有水量小，污染力強的特點。如任其排放，必然會污染水源，傳播疾病，將不可避免地污染水源，危害周邊地區人民群眾健康。

　　衛生院污水處理設備工藝中，污水入調節池進行均勻水質水量，經提升泵提升至水解酸化池，水解酸化池內進行厭氧反硝化，降低污水中氨氮。污水由水解酸化池推流至一、二級生物接觸氧化池進行好氧曝氣，微生物在此分解有機物降低COD，同時污水中的硝化菌對污水進行消化處理，部分混合液回流至水解酸化池內反硝化。接觸氧化池出水進入沉淀池，進行泥水沉淀分離，上清液推流至接觸消毒池，池內經二氧化氯消毒達標排放。污泥定時排放至污泥池，上清液回流至水解酸化池，剩余污泥定期由抽糞車運送至無害化處理中心進行無害化處理。

　　衛生院污水處理設備A/O工藝是由厭氧和好氧兩部分反應組成的污水生物處理系統。污水經A段后再進入O段有機物在好氧段被好氧微生物氧化分解。氨氮在有氧條件下通過硝化作用轉化為硝態氮，再通過混合液回流進入缺氧段在有炭源條件下，進行前置反硝化，使硝態氮轉化為分子態氮而逸入空氣中，從而使氨氮得到有效的去除，A/O工藝還具有很好的除磷功能。污水進入A池后，與回流污泥混合。活性污泥中的聚磷菌在這一過程中大量吸收污水中的BOD，并將污泥中的磷以正磷酸鹽的形式釋放到混合液中。混合液進入好氧池后，有機物被氧化分解，同時聚磷菌大量吸收混合液中的正磷酸鹽到污泥中。由于聚磷菌在好氧條件下吸收的磷多于厭氧條件下釋放的磷，污水經過“厭氧一好氧"的交替作用和二沉池的污泥分離達到除磷的目的。