首先，腸道內容物的存在會影響對腸道黏膜的觀察。通常情況下，患者檢查前2h禁食，檢查開始2h后可以喝水，4h后可以進簡餐。ELISA試劑盒
其次，胃排空時間和小腸蠕動的快慢會影響膠囊向前運行的速度，導致不能完成全小腸檢查。研究顯示，不能完成全小腸檢查的發生率約為25%。腸道清潔藥物（如聚乙二醇溶液、口服磷酸鈉）和消泡劑二甲基硅油或促胃腸動力藥（如、、替加色羅、）可以改善小腸的清潔度，并可能提高全小腸檢查的成功率。然而，的用藥類型、劑量及給藥時機等，目前仍未達成共識。
此外，有學者提出，對于不明原因消化道出血者，腸道準備時應用的液體可能會沖走腸道內血液，以致影響出血病灶的定位。因此，不明原因消化道出血者是否適合導瀉等腸道準備，仍需進一步研究。ELISA試劑盒
膠囊內鏡檢查的禁忌證及并發癥
嚴重動力障礙、消化道梗阻、狹窄及瘺管形成是膠囊內鏡檢查的禁忌證。體內置入心臟起搏器或其他電子醫學儀器也不適合進行膠囊內鏡檢查。研究提示，腹部手術史、內分泌疾病（如糖尿病）、腸腔內新生物、小腸克羅恩病等為影響膠囊內鏡未完成全小腸檢查的主要因素。
在選擇膠囊內鏡檢查時，醫生zui擔心的往往是膠囊的滯留問題。衛煒等報告，膠囊滯留率為0.0%，其中克羅恩病患者的問題zui突出，滯留率達.9%，其次為膠囊滯留在較大的憩室中。龍多諾蒂（Rondonotti）等報告，在700例次檢查中發生膠囊滯留83例。國外報告，因吞咽困難而不能完成檢查者占到6.4%，我國報告相關的發生率達33.0%。ELISA試劑盒
應進一步規范膠囊內鏡檢查前的相關檢查，如全消化道X線鋇餐造影，以排除消化道梗阻及大的憩室。目前，探路膠囊系統已問世，將有助于避免膠囊滯留帶給患者的手術之苦。
