抗原的基本性質具有異物性、大分子性和特異性。異物性是指進入機體組織內的抗原物質，必須與該機體組織細胞的成分不相同?？乖话闶侵高M入機體內的外來物質，如細菌、病毒、花粉等；抗原也可以是不同物種間的物質，如馬的血清進入兔子的體內，馬血清中的許多蛋白質就成為兔子的抗原物質；同種異體間的物質也可以成為抗原，如血型、移植免疫等；自體內的某些隔絕成分也可以成為抗原，如眼睛水晶體蛋白質、精細胞、甲狀腺球蛋白等，在正常情況下，是固定在機體的某一部位，與產生抗體的細胞相隔絕，因此不會引起自體產生抗體。但當受到外傷或感染，這些成分進入血液時，就像異物一樣也能引起自體產生抗體，這些對自體具有抗原性的物質稱為自身抗原，所產生的抗體稱為自身抗體。由于自身抗體與自身抗原發生反應，于是就引起自身免疫疾病，如過敏性眼炎、甲狀腺炎等。機體其它自身組織的蛋白可因電離輻射、燒傷、某些化學藥品和某些微生物等理化和生物因素的作用發生變性時，也可成為自身抗原，引起自身免疫疾病，如紅斑狼瘡病、白細胞減少病、慢性肝炎等。大分子性是指構成抗原的物質通常是相對分子質量大于0000的大分子物質，分子量越大，抗原性越強。絕大多數蛋白質都是很好的抗原。為什么抗原物質都是大分子物質呢？這是因為大分子物質能夠較長時間停留在機體內，有足夠的時間和免疫細胞（主要是巨噬細胞、T淋巴細胞和B淋巴細胞）接觸，引起免疫細胞作出反應。如果外來物質是小分子物質，將很快被機體排出體外，沒有機會與免疫細胞接觸，如大分子蛋白質經水解后成為小分子物質，就失了抗原性。特異性是指一種抗原只能與相應的抗體或效應T細胞發生特異性結合。抗原的特異性是由分子表面的特定化學基團所決定的，這些化學基團稱為抗原決定簇?？乖钥乖瓫Q定簇與相應淋巴細胞的抗原受體結合而激活淋巴細胞引起免疫應答。換言之，淋巴細胞表面的抗原識別受體通過識別抗原決定簇而區分“自身”與“異己”?？乖彩且钥乖瓫Q定簇與相應抗體特異性結合而發生反應的。因此，抗原決定簇是免疫應答和免疫反應具有特異性的物質基礎。
