.搖瓶培養
篩選的全過程都要通過搖瓶培養。搖瓶培養是通過搖床振蕩，使菌體與培養基和空氣充分接觸而獲得營養和氧氣。搖瓶培養的優點是培養條件與發酵罐接近，這樣選育出來的菌株容易推廣到大中去。ELISA試劑盒
搖瓶培養通常可分為初篩和復篩。初篩由于菌株較多，常一個菌株接一個搖瓶，進行振蕩培養，培養結束后逐個進行活性測定，將能力高的菌株用砂土管或冷凍管保藏。待初篩結束后，再將砂土管或冷凍管菌種接人斜面，進一步進行搖瓶復篩．此時一個菌株要接3～5個搖瓶，以提高性。
選育高產菌種的zui終目的是要應用到上去，因此，搖瓶的培養條件要盡量與發酵罐接近。
搖瓶篩選實際上是各菌株之間的對比試驗，因此，有關搖瓶培養的各種條件要力求一致，如搖瓶型號、裝量、瓶塞厚度或瓶El包扎紗布的層數、搖床轉速、溫度等。
2.產物活性測定
產物活性測定是菌種篩選的重要組成部分，也是決定篩選數量的主要因素之一。一般來說，初篩的菌株數越多，就越有可能篩選到優良菌株。因此擴大篩選量是提高育種效率的一個重要方面，在篩選工作中建立一個簡便、快速而又較準確的檢測方法也就顯得十分重要了。下面介紹幾種在搖瓶初篩中常用的快速測定代謝產物的方法。
()瓊脂平板孔洞法 以代謝產物為酶類的突變株的篩選為例。將一定量的底物和瓊脂做成厚約3mm的平板，待凝固后，用直徑5mm的打孔器取出瓊脂塊，使平板上留下50～60個圓孔。然而加入過濾或離心后的發酵液IOF．L，置于底物作用的溫度下，培育20~25h，在孔洞周圍出現水解圈。根據水解圈的大小和清晰度決定取舍。ELISA試劑盒
(2)紙片法取直徑為0．5cm的圓形濾紙片，滅菌后覆蓋于含有底物或檢定菌的瓊脂板上，吸取～2pL發酵液于濾紙上，置一定溫度下培養一定時間，測定水解圈或抑菌圈的大小。
(3)瓊脂薄層紙片法瓊脂薄層紙片法適合于抗真菌抗生素和農用抗生素產生菌的初篩，是一種與生物相關性較強的初篩方法。它是一種符合大量菌株和以多種產孢子的真菌、病原菌為對象的綜合篩選方法。
制備病原菌的孢子懸液，加入到45~50℃的真菌培養基中，混勻，傾人到玻璃板上，均勻攤平，制成約cm厚的薄層瓊脂板。將圓形濾紙片覆于薄層瓊脂上，加入～2μL發酵液，編號。在玻璃板兩端各放上一塊條狀的玻璃作為墊子，上面蓋一塊滅菌過的玻璃板。放入搪瓷盤內，置適宜的溫度下培養。置于解剖鏡或立體顯微鏡下觀察孢子萌發、菌絲形態，并測量抑菌圈大小。
3.搖瓶數據的調整和有關菌株特性的觀察分析
搖瓶試驗的測定數據是否準確直接關系到高產菌株的篩選頻率。搖瓶試驗的誤差來自兩個方面：一是搖瓶條件的不一致；二是檢測過程的誤差。對搖瓶發酵液的測試數據要盡量用生物統計方法來處理，以便在復雜的數據中去偽存真，抓住本質。在分離、篩選和整個試驗過程中，每個階段都要周密地觀察菌株特性。ELISA試劑盒
4.培養基和培養條件的優化
高產表型是由基因型和環境相互作用共同決定的，通過誘變育種得到的高產菌株具有高產基因型，但出發菌株的培養基和培養條件對高產菌株來說并非。因此，高產菌株選育之后，需對高產菌株的培養基和培養條件進行優化，以充分發揮高產菌株的高產潛力。可用單因子法、正交試驗法、均勻設計、響應面法等方法進行培養基和培養條件優化。
