1.脾克隆形成法

    該方法是人類認識HSCzui早的方法，主要用于評估小鼠的HSC:將小鼠的骨髓或脾細胞注射到經放射線照射過的小鼠體內，通過觀察CFU-S的數量和種類來推知HSC。這種方法不能用于測量人類HSC，僅適合于有關小鼠造血調控的實驗研究。

2.外克隆形成法

    將造血細胞注入到半固體培養基中，在一定條件下培養一段時間后，根據克隆形成的數量、克隆細胞的構成來分析克隆的起源和克隆形成細胞的性質，即稱為體外克隆形成法。向培養基中加入各種造血生長因子，不論在人還是在小鼠均可培養出含有各類血液細胞的混合集落(如CFU-M-ⅹ、CFU-GEMM)，常常以其數量代表HSC的多少。但現在認為，形成混合集落的細胞大部分為多潛能造血祖細胞而不是HSC。HSCT時常用CFU-GM計數作為植入干細胞數的一個標準，它代表的是粒-單祖細胞的數量。因此，現將它作為造血祖細胞的一種檢測方法。

    原始細胞集落形成細胞(CFU-blast)是目前在體外所能鑒別出的zui未分化的克隆形成細胞。這種集落由未分化的原始細胞組成。二次集落試驗證實它可形成較多的原始細胞集落和混合集落，同時這種細胞還具有向淋巴細胞分化的能力，因此人們推測這種細胞非常接近于HSC。人類的這種集落培養條件相當苛刻，一般多用于小鼠的造血細胞研究。

3.長期培養啟動細胞檢測法

    將造血細胞放在骨髓基質上培養，在zui初1～2周可發現有克隆形成細胞(CFC)的增殖，其后逐漸消失，這些細胞一般認為其來源于造血祖細胞。但培養5周以后，在培養細胞中仍有克隆形成細胞的存在，它們則來源于更為早期的未分化造血細胞，被稱為長期培養啟動細胞(long-term cultuteinitiaing cel1，LTC-IC)。LTC-IC的定量可以采用極限稀釋培養法來測定，此法常用于測定人類的HSC。據報道，在105個骨髓單個核細胞中，以LTC-IC分析法所示的原始干細胞約為10個左右。

4.造血干細胞的移植實驗法

    這是一種體內 HSC測量方法。該方法雖不能像體外實驗可以進行定量研究，但在評估造血細胞的長期造血重建能力方面具有較高的應用價值，是目前檢測HSC自我更新和多向分化能力的主要方法。研究人的HSC只能做異種移植，而為克服異種移植間的免疫排斥問題，實際應用中多是選擇羊胎兒(羊子宮內胎羊移植系統)或具有免疫功能不全的小鼠(如SCID/HU小鼠、NOD/SCID小鼠等)作為移植對象。

5.造血干細胞的流式細胞測量法

    流式細胞測量術具有快速、準確、能夠大量處理細胞等優點，結合熒光標記的單克隆抗體，可以對造血細胞群中的干/祖細胞進行較為理想的識別及分選。但如前所述，在造血細胞的特征性表型未確定之前，難以通過表面標記識別及分選真正的HSC。臨床上常以CD34十做為造血干/祖細胞的標記。進行HSCT時，既往多以CFU-GM產率作為評估輸入干細胞數量的指標，現已有由CD34十細胞計數取代CFU-GM測定的趨勢。